月経期になると子宮以外の場所にできた子宮内膜も剥離・出血するが、血液や内膜を体外に出すことが出来ず体内に溜まる。チョコレート嚢胞の発生や諸臓器との癒着が起こる。子宮内膜症の80%位にチョコレート嚢胞が見られる。